Untuk tahap kedua ada Babak 8 Besar. 4 klub teratas pada masing-masing grup di Babak Pendahuluan akan dibagi menjadi dua grup dengan total pertandingan 24 laga kandang-tandang.
Kemudian 4 klub yang lolos Babak 8 Besar akan bertemu dalam tahap ketiga atau Babak Semifinal dengan total 4 laga kandang dan tandang.
2 klub yang gagal lolos ke babak final akan dipertemukan dalam laga playoff untuk memperebutkan peringkat ketiga.
Sementara 2 klub yang lolos ke babak final akan bertanding demi memperebutkan gelar juara EPA U-21 2023-2024.
Untuk format playoff peringkat ketiga dan final sendiri masih belum jelas apakah dilangsungkan dengan tandang-kandang ataukah langsung single match.
Boleh dibilang ini merupakan langkah awal yang bagus meski tampak memaksa klub-klub untuk menyediakan dana lebih. Tapi ini juga demi perkembangan sepak bola Indonesia juga.
