Puncaknya terjadi pada ISL 2010-2011 di mana klub yang bermarkas di Stadion Mulawarman tersebut finish sebagai juru kunci klasemen dengan 15 poin. Hasil dari 3 kali menang, 6 imbang, dan 19 kali kalah. Bontang FC hanya memasukkan 33 gol dan kebobolan 79 kali. Saat itu Bontang FC diperkuat oleh Nyeck Nyobe, Abdul Rahman, Satoshi Otomo, dan Cornelius Gedy.
Puncak penderitaan Bontang FC tidak sampai di situ. Pada 2014, Bontang FC terkena sanksi FIFA dan PSSI akibat skandal pengaturan skor. Klub yang pernah menjadi kekuatan menakutkan di Indonesia dan Asia harus turun ke Divisi Tiga, divisi paling bawah dalam sepakbola Indonesia.
